Tán sỏi thận qua da là một phương pháp tuyệt vời, là phương pháp đã làm thay đổi về chỉ định điều trị. Tán sỏi thận qua da cùng với tán sỏi thận bằng ống mềm đã tạo nên một cuộc cách mạng trong điều trị sỏi đường tiết niệu. Tuy nhiên không có phương pháp nào là hoàn hảo cả. Tán sỏi thận qua da, ngoài những ưu điểm tuyệt vời ở trên thì nó cũng có một số nhược điểm như:

1. Chi phí còn tương đối cao. Để thực hiện tán sỏi thận qua da thì cần sử dụng vật tư là bộ nong thận; amplatz; catheter niệu quản và một số phương tiện khác mà bảo hiểm y tế chưa chi trả. Vì vậy chi phí phẫu thuật tán sỏi thận qua da còn tương đối cao so với phương pháp mổ mở
2. Cần đào tạo bài bản. Để thực hiện tốt phương pháp này thì bác sĩ phẫu thuật, kíp mổ cần được đào tạo một cách bài bản, rèn luyện về kỹ thuật, chiến thuật tốt thì mới có được hiệu quả cao.

Cũng giống như bất kỳ can thiệp nào khác, tán sỏi thận qua da cũng có một số nguy cơ, tai biến, biến chứng như:

1. Chảy máu: Chảy máu từ quá trình tạo đường hầm; chảy máu từ quá trình can thiệp tán sỏi. Tuỳ vào mức độ, có thể chảy máu ít tự cầm; có thể chảy máu nhiều phải mổ mở xử lý, phải cắt thận, thậm chí có thể tử vong. Chảy máu có thể kéo dài sau mổ, phải truyền máu, phải can thiệp nút mạch… Mặc dù tỷ lệ chảy máu trong PCNL thấp hơn nhiều so với phẫu thuật mổ mở nhưng đây cũng là biến chứng phải quan tâm nhiều.
2. Nhiễm trùng: Đây có thể là hậu quả của việc chuẩn bị Bilan trước mổ chưa tốt; có thể là do vi khuẩn bám ở viên sỏi phóng thích ra trong quá trình tán sỏi…
3. Tổn thương các cơ quan lân cận
4. Tổn thương bể thận, niệu quản…